Na temelju njihovog razvoja i strukture slike, mogu se općenito podijeliti u tri kategorije: kruti cjevasti endoskopi, fiberoptički (savitljivi) endoskopi i elektronički endoskopi.
1. Endoskopi za probavni trakt: ezofagoskopi s krutom cijevi; fiberoptički ezofagoskopi; elektronički ezofagoskopi; ultrazvučni elektronički ezofagoskopi, fiberoptički gastroskopi, elektronički gastroskopi, ultrazvučni elektronički gastroskopi, fiberoptički duodenoskopi, elektronički duodenoskopi, fiberoptički enteroskopi, elektronički enteroskopi, fiberoptički kolonoskopi, elektronički kolonoskopi, fiberoptički sigmoidoskopi i rektoskopi.
2. Endoskopi za dišni sustav: laringoskopi s krutom cijevi, fiberoptički laringoskopi, elektronički laringoskopi, fiberoptički bronhoskopi, elektronički bronhoskopi, torakoskopi i medijastinoskopi.
3. Endoskopi za peritonealnu šupljinu: kruti tubusni, fiberoptički i elektronički kirurški laparoskopi.
4. Endoskopi za bilijarni trakt: koledohoskopi s krutom cijevi, koledohoskopi s fiberoptikom, elektronski koledohoskopi i koledohoskopi majke-i-djeteta.
5. Endoskopi za mokraćni sustav: (1) Cistoskopi: Mogu se podijeliti na cistoskope za inspekciju, cistoskope za kateterizaciju uretera, kirurške cistoskope, nastavne cistoskope, fotografske cistoskope, pedijatrijske cistoskope i ženske cistoskope. (2) Ureteroskopi. (3) Nefroskopi.
6. Endoskopi za ginekologiju: kolposkopi i histeroskopi.
7. Endoskopi za krvne žile: vaskularni endoskopi.
8. Endoskopi za zglobove: artroskopi. Endoskopija s optičkim vlaknima
Endoskopski sustav s optičkim vlaknima sastoji se od dva dijela: tijela endoskopa i izvora hladnog svjetla. Unutar tijela endoskopa nalaze se dva snopa optičkih vlakana: jedan koji se naziva snop, koji prenosi svjetlost koju stvara hladni izvor svjetlosti na površinu promatranog objekta, osvjetljavajući ga; drugi nazvan snop slike, koji je snop desetaka tisuća optičkih vlakana promjera manjeg od 1 mikrometra raspoređenih u redove. Jedan kraj je poravnat s okularom, a drugi kraj prolazi kroz leću objektiva i poravnat je s površinom promatranog predmeta. Liječnici mogu izravno vizualizirati površinu organa kroz okular, što olakšava pravovremenu i točnu dijagnozu. Na primjer, uz pomoć endoskopa, liječnici mogu promatrati čireve ili tumore u želucu i prema tome formulirati najbolji plan liječenja.
Snopovi optičkih vlakana koji prenose sliku čine jezgru optičkog endoskopa. Sastoji se od desetaka tisuća iznimno finih staklenih vlakana. Prema načelu potpune unutarnje refleksije u optici, sva staklena vlakna moraju biti presvučena filmom s-indeksom loma-kako bi se osiguralo da sva svjetlost koju propuštaju vlakna jezgre podliježe potpunoj unutarnjoj refleksiji. Jedno vlakno prenosi samo jednu točku svjetlosti. Da biste vizualizirali sliku, veliki broj vlakana mora biti povezan zajedno. Za prijenos iste slike na drugi kraj, svako vlakno mora biti postavljeno identično na oba kraja; to se zove skup vodiča za slike. Fiberoptički endoskopi obično imaju dvije cijevi od staklenih vlakana. Svjetlost ulazi u tijelo kroz jednu cijev, dok liječnik promatra kroz drugu cijev ili preko kamere. Godine 1981. uspješno je razvijena endoskopska ultrazvučna tehnologija. Ovaj novi razvoj, kombinirajući naprednu ultrazvučnu tehnologiju s endoskopijom, uvelike je povećao točnost dijagnoze lezija. Neke se operacije mogu izvesti pomoću endoskopa i lasera. Optička vlakna endoskopa mogu isporučiti lasersku zraku za spaljivanje izraslina ili tumora i zatvaranje krvarećih krvnih žila.
Elektronički endoskopi pojavili su se 1980-ih s razvojem elektronike i digitalne video tehnologije. Ovo je zamijenilo prijenos slike optičkim vlaknima sa fotoosjetljivim sustavima za slikanje s integriranim krugom, što je rezultiralo vrhunskom kvalitetom slike, većom svjetlinom i većim slikama, omogućujući otkrivanje čak i finijih lezija. Nadalje, elektronički endoskopi imaju manji vanjski promjer, daju jasnije i intuitivnije slike i lakši su za rukovanje. Neki endoskopi čak uključuju mikro-senzore s integriranim krugom za slanje promatranih informacija natrag u računalo. Mogu dobiti dijagnostičke podatke o morfologiji tkiva i organa, te mjeriti razne fiziološke funkcije. Struktura elektroničkih endoskopa u osnovi je ista kao kod endoskopa s optičkim vlaknima; Jednostavno rečeno, CCD zamjenjuje snop vodiča slike, nudeći mnoge funkcije koje endoskopi s optičkim vlaknima ne mogu postići. Najveća razlika između elektroničkih endoskopa i endoskopa s optičkim vlaknima je korištenje CCD uređaja, poznatog kao minijaturni senzor slike, umjesto snopa vodiča za sliku s optičkim vlaknima.